レイヤリンクすることによって、左図のように一体となることを
確認して下さい。

レイヤリンク指定のダイアログボックスが開くので、Ｃｔｒｌキーを押したまま、
『敷地』・『床１Ｆ』・『屋根』の３つのレイヤをクリックして選択します。

次に、レンダメニューの【レイヤリンク指定...】を選択します。

まず、レイヤをリンクする前に左の表に従って、
各種設定を行って下さい。

左図のように『敷地』・『床１Ｆ』・『屋根』は一体ではありません。
それは、レイヤの設定の際の”高度”が表れていないからです。
そこでレイヤをリンクするという作業が必要となってきます。